| 机构名称 | 机构性质 |
| 湛江海洋高新科技园 | 校直属机构 |
| 珍珠研究所 | 校直属机构 |
| 南海海洋气象研究院 | 校直属机构 |
| 海洋资源与环境监测中心 | 校直属机构（挂靠分析测试中心） |
| 深圳研究院 | 校地合作 |
| 南海海洋环境研究所 | 院所合一 |
| 海洋生物研究所 | 院所合一 |
| 海洋食品研究所 | 院所合一 |
| 农业生物技术研究所 | 院所合一 |
| 机电工程研究所 | 院所合一 |
| 应用化学研究所 | 院所合一 |
| 信息技术研究所 | 院所合一 |
| 海洋文化研究所 | 部所合一 |
| 文学与粤西文化研究所 | 院所合一 |
| 法学研究所 | 院所合一 |
| 外国语言与外语教学研究所 | 院所合一 |
| 东盟研究院 | 院所合一 |